Son la principal causa de problemas renales, son debidas a una afección secundaria de enfermedades sistémicas (que afectan otros órganos y sistemas). Entre ellas se encuentran las enfermedades metabólicas como Diabetes Mellitus, o las enfermedades autoinmunes como Lupus Eritematoso Sistémico.

Habitualmente se tiene el diagnóstico y si el comportamiento es el esperado, puede no ser necesario realizar biopsia renal; el manejo es multidisciplinario y se enfoca en el control de la enfermedad sistémica. Ejemplo de esto es la nefropatía diabética.

En referente a las enfermedades autoinmunes, habitualmente si se requiere biopsia renal para estadificar la enfermedad y decidir sobre que tratamiento es el más adecuado para cada caso en particular.